浜松内陸コンテナ基地内に設置されている名古屋税関清水税関支署浜松出張所では、煩雑な輸出入貨物の税関手続きに関する相談に応じているほか、輸出入貨物の取締り、保税地域の許可・取締り、関税の徴収などの業務が行われています。
また、浜松内陸コンテナ基地は昭和46年(1971年)6月に、国際貿易港と同様の「指定保税地域」に指定されました。基地内で海上輸送コンテナに積み込まれた輸出貨物は清水港や御前崎港などから海外へ、海上輸送コンテナから荷下ろしされた輸入貨物は県西部地域の事業所等へ運ばれます。

トラック・スケールとは、貨物をトラックに積載したままで、貨物の重量を計測する装置のことで、輸出コンテナの船積み前の総重量確定などのためにトラックの計量が行われます。
基地内のトラック・スケールは、トラックを載せる積載面が3m×15mで、デジタルロードセル6点支持の計測方式により、200kgから5万kgまでを10kg単位で計量することができます。